Bio-Muskatnuss wird wegen ihrer schönen Farbe und ihres subtilen Geschmacks gerieben verwendet. Ideal zum Würzen von Kartoffelgerichten, wird in vielen Gewürzmischungen verwendet und ist beim Kochen sehr vielfältig, ob salzig oder süß. Sein Geschmack ist ziemlich stark, obwohl er nicht brennt, man kann ihn überall reiben, aber meistens reicht eine Prise. Sie können damit Fleisch, Suppen, Béchamels, Gratins, Pürees, Gemüse und sogar bestimmte Cocktails würzen.